В роли суперсолдата Пророка игрок борется с врагами, которые угрожают разрушить мир. Он продолжает поиски альфа-цефа, но к этому добавляется новое задание: нужно вывести на чистую воду корпорацию CELL, которая превратила Нью-Йорк в джунгли, накрытые гигантским куполом.