Черепашки-ниндзя продолжают бороться с преступностью в Нью-Йорке и теперь становятся известными. Однако затем, когда их старый враг Шреддер возвращается, а на город начинается вторжение инопланетян, черепашкам, их подруге Эйприл О’Нил и её коллеге Верну Фенвику снова придётся спасать мир, на сей раз заручившись поддержкой нового друга — мстителя в маске Кейси Джонса.