Это история физика Гордона Фримена, оказавшегося в центре сопротивления иноземному вторжению, которое угрожает будущему человечества. Гордон Фримен вновь пробуждается в оккупированном центре Сити-17 и возглавляет отчаянное сопротивление против Альянса. К нему присоединяется Аликс Вэнс.