Игра рассчитана на одного или двух игроков. В начале можно выбрать одну из четырёх черепашек-ниндзя: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело или Донателло. В дальнейшем сменить главного персонажа будет нельзя. Черепахи незначительно различаются между собой по скорости и дальности удара. Сражаться предстоит против ниндзя клана Фут, маузеров, радиоуправляемых вертолётов и других персонажей, позаимствованных из мультсериала. Всего в игре 7 разнообразных сцен (уровней), в конце каждого из которых надо победить финального босса. Каждый финальный босс уникален, имеет собственные приёмы и алгоритмы движений, и, в отличие от обычных противников уровня, требует от одного до нескольких десятков попаданий для уничтожения. За каждого убитого противника, в зависимости от версии игры, даётся определённое количество очков. Набирая очки, можно зарабатывать дополнительные жизни. Японская и американская версии различаются системой начисления очков за уничтожение противников, их количеством на уровнях, а так же удар ногой в полете в японской версии наносит в 2 раза больше урона, чем в американской.