«Atomic Heart: Чары морских глубин», ставшее третьим DLC, вернулось в русло нормальности (если так можно говорить об игре в целом), отправив персонажей на самое дно, о чем как минимум пару раз шутил и майор Нечаев. Правда, начинается все на поверхности, которая претерпела разрушительные изменения под натиском вышедших из повиновения роботов. Нечаев очухивается от событий, пережитых до этого, почти со старта пытается наладить отношения с Екатериной, своей возлюбленной, сознание которой покинуло Близняшек и сохранилось в электронном виде, и ищет мести. Дать толчок в нужном направлении должна агрессивная Баба Зина, которая ненадолго возвращается собственной персоной, слегка матерится, а потом продолжает по-тещински нудить по радиосвязи.