В современном мире, образцы ДНК, взятые из тела Дезмонда Майлза после его смерти, позволили Абстерго Индастриз продолжить исследовать его генетические воспоминания, используя вновь обретённые способности облачных вычислений Анимуса. Безымянный персонаж игрока был нанят Абстерго Энтертейнмент из штаб-квартиры в Монреале, чтобы проанализировать воспоминания об Эдварде Кенуэе, пирате восемнадцатого века, отца Хэйтема Кенуэя и деда Коннора. Это проводится как сбор материала для интерактивного художественного фильма на основе Анимуса. На самом деле Абстерго, тамплиеры современности, ищут устройство Первой Цивилизации, известное как Обсерватория, и используют воспоминания Эдварда, чтобы найти её.