Сюжет разворачивается в Чернобыльской Зоне Отчуждения. Игрок берёт на себя роль сталкера по прозвищу Меченый, у которого есть ПДА с одним лишь заданием — убить Стрелка. Чтобы найти его и узнать все секреты Чернобыльской Зоны, нужно побывать на всех 18 локациях и дойти до легендарного места — Чернобыльской АЭС.