Проект «Наследие Пустозерска» направлен на привлечение внимание молодежи к деятельности музея, через проведение волонтерских лагерей и обустройство территории. Молодые люди под руководством привлекаемых специалистов, сотрудников музея и членов общества занимались обустройством Большой экологической тропы, исторической входной группы объектов, пространства для проведения ежегодных волонтерских лагерей, системы биоинженерных конструкций для привлечения и наблюдения за животными.