Single-cell RNA-seq для абсолютных новичков. Часть 1: От FASTQ до матрицы экспрессии (10x + Cell ...

Вы когда-нибудь смотрели на папку с FASTQ-файлами из эксперимента 10x Genomics по секвенированию отдельных клеток и не знали, что с ними делать? Это первая часть совершенно нового, полностью для начинающих курса, который шаг за шагом проведет вас через анализ РНК-секвенирования отдельных клеток с нуля — без предварительного опыта в биоинформатике. Мы начнем с того, что такое секвенирование РНК отдельных клеток и чем оно отличается от секвенирования РНК в больших объемах, а затем перейдем к практическим задачам: настройка Cell Ranger и вашей среды, понимание структуры файлов и баркодирования 10x, загрузка реального общедоступного набора данных PBMC, запуск подсчета Cell Ranger, чтение отчета о контроле качества и, наконец, открытие матрицы экспрессии генов, на которой строится каждый последующий анализ. ВРЕМЕННЫЕ МЕТКИ 00:00 Введение: Что такое секвенирование РНК отдельных клеток? 05:32 Семинар по РНК-секвенированию 07:18 Настройка среды (Cell Ranger + Conda) 09:31 Понимание структуры файлов FASTQ 10x 12:57 Подготовка примера набора данных + FastQC 15:03 Запуск подсчета Cell Ranger 19:33 Понимание матрицы экспрессии генов 21:27 Сводка оценки качества (web_summary.html) 23:20 Тревожные сигналы в контроле качества — на что обращать внимание 25:11 Краткий обзор + Что дальше ЧТО ВЫ УЗНАЕТЕ ✓ Что такое одноклеточное РНК-секвенирование и когда оно действительно необходимо вместо массового РНК-секвенирования ✓ Как платформа 10x Genomics Chromium захватывает и маркирует отдельные клетки ✓ Как настроить Cell Ranger и среду Conda для анализа одноклеточного РНК-секвенирования ✓ Как читать имена файлов FASTQ 10x и понимать штрихкоды клеток В сравнении с UMI и индексами образцов ✓ Как загрузить и организовать реальный общедоступный набор данных из SRA ✓ Как запустить подсчет Cell Ranger и интерпретировать его выходные данные ✓ Как читать отчет Cell Ranger web_summary.html и выявлять тревожные сигналы в ваших метриках контроля качества ✓ Что на самом деле находится внутри матрицы экспрессии генов (штрихкоды, признаки и формат Market Matrix) 📖 Полное письменное руководство (со всеми командами): https://ngs101.com/how-to-analyze-sin... 🎓 ХОТИТЕ ПОПРАКТИЧЕСКИ ПОРАБОТАТЬ С НАСТОЯЩИМ ПРЕПОДАВАТЕЛЕМ? Я создал онлайн-семинар именно для того момента, в котором вы сейчас находитесь. Когда я был научным сотрудником в аспирантуре, моя лаборатория создала набор данных транскриптома, который никто в моем отделе не мог проанализировать — я умолял кого-то в медицинской школе о помощи, и после долгого ожидания мне сказали, что они тоже не могут этого сделать. Именно это подтолкнуло меня к самостоятельному изучению анализа NGS, причем сложным путем, путем сбора информации из разрозненных руководств. Я создал семинар по RNA-seq, чтобы вам не пришлось этого делать: 7 онлайн-сессий, никакого предварительного опыта не требуется, от вашей первой команды в терминале до готового к публикации конвейера, который вы можете сохранить и использовать для своих собственных данных. Вторая группа уже началась. Присоединяйтесь к списку ожидания третьей группы: https://ngs101.com/workshop/rna-seq-w... #scRNAseq #SingleCellRNAseq #Bioinformatics #10xGenomics #CellRanger #NGS #Genomics #BioinformaticsForBeginners #ComputationalBiology #NGS101