Когда Шон обнаруживает третий элемент, Уильям Майлс решает добыть его сам. Однако вскоре он был схвачен в плен тамплиерами и отправлен в офис Абстерго в Италии. Через видеообращение, доктор Уоррен Видик требует от Дезмонда Яблоко в обмен на жизнь Уильяма. Дезмонд решает спасти отца. Проникнув в лабораторию (где его держали в первой части), он снова сталкивается с Кроссом. От неминуемой смерти Дезмонда спасает эффект просачивания у Кросса (его разум был повреждён из-за опытов тамплиеров). Дэниэл убегает из комнаты в панике, но Майлс догоняет его и убивает своим скрытым клинком. При помощи Яблока, Дезмонд убивает Видика и спасает отца. Эта атака стала фатальной для тамплиеров и им пришлось затаиться и планировать новую стратегию. После этого Коннор становится ещё более стремительным, размышляя, что необходимо убить и Ли, и Хэйтема. Коннор придумывает план, согласно которому американцы атакуют Нью-Йорк и форт с Ли и тогда он сможет проникнуть в форт. План срабатывает, и герой входит в форт, но обнаруживает Хэйтема, который сберёг Ли. Коннор вступает в схватку с Хэйтемом и убивает его.