Атомистическая характеристика капсида ВИЧ на основе моделирования молекулярной динамики.

«Атомистическая характеристика капсида ВИЧ на основе моделирования молекулярной динамики» — Хуан Перилья, Университет Иллинойса в Урбана-Шампейн Капсид ВИЧ — это большая структура, содержащая около 1300 белков, в общей сложности 4 миллиона атомов. Хотя все белки капсида идентичны, они, тем не менее, располагаются в преимущественно асимметричной структуре. Большой размер и отсутствие симметрии представляют собой огромную проблему для изучения химических деталей капсида ВИЧ. Моделирование 64 миллионов атомов в течение более 1 микросекунды позволяет нам провести всестороннее исследование физических свойств всего капсида ВИЧ, включая электростатический потенциал, нормальные моды всех атомов, а также влияние растворителя (ионов и воды) на капсид. Результаты моделирования выявляют критически важные детали белков капсида, имеющие важное значение для сборки, дезинтеграции и ядерного импорта.