Балаклавский подземный музейный комплекс находится на территории бывшего сверхсекретного подземного комплекса по ремонту, укрытию и вооружения дизель электрических подводных лодок Черноморского флота СССР. Также подземный комплекс включал в себя минно-торпедную часть, топливное хранилище и ядерный арсенал - хранилище ядерных боевых частей для ракет, торпед и ракето-торпед.