Спустя несколько лет после того, как Джакс одолел Гибрида , новая угроза приходит с небес, высвобождая силу тёмного Элекса (Elex) и подвергая опасности всё живое на планете. Чтобы защитить Магалан и обезопасить свою семью, Джакс вынужден отправиться на миссию, убедить группировки объединиться против захватчиков и найти своего собственного сына Декса , с которым утеряна связь...