Что внутри — Анализ RNA-seq для абсолютных новичков (полный обзор курса)

Полное пошаговое руководство по анализу РНК-секвенирования для абсолютных новичков — все семь занятий, чему каждое из них учит и что вы получите в итоге. Здесь ничего не скрывается. Все материалы курса доступны для скачивания, именно поэтому это пошаговое руководство бесплатное и полное: посмотрите все двенадцать минут, прежде чем принимать решение. Курс → https://ngs101.com/rna-seq-recorded-course/ РАЗДЕЛЫ 00:00 Начните здесь — что это за курс 00:29 Краткий обзор семи занятий 00:58 Занятие 1 — Linux, ваш ноутбук против высокопроизводительного вычислительного центра и настройка 02:31 Занятие 2 — Преобразование FASTQ в подсчеты (FastQC, fastp, STAR, featureCounts) 03:41 Занятие 3 — Введение в R и нормализация 04:38 Занятие 4 — Дифференциальная экспрессия (limma-voom, DESeq2, edgeR) 05:53 Занятие 5 — Графики и пути (ggplot2, GO, KEGG, GSEA) 07:30 Занятие 6 — Эффекты пакетной обработки, обнаружение и коррекция 08:30 Занятие 7 — Конвейер обработки и отправка данных в GEO 10:15 Что находится в папке каждого занятия 10:47 Как с этим работать 11:20 Что вы получите после занятия ЧТО НАХОДИТСЯ В КАЖДОЙ ПАПКЕ С ЗАНЯТИЕМ • Видеоматериалы — семь занятий, шесть с половиной часов • Слайды — каждый слайд в формате PDF, для хранения и печати • Скрипты и блокноты — блокноты R и скрипты оболочки, используемые на занятии • Примеры данных — собраны в папке, не требуют подключения к серверу • Шпаргалки и раздаточные материалы, где они могут пригодиться • Плюс две папки с конвейерами обработки данных, которые передаются на 7-м занятии: RNAseq_Analysis_Pipeline и RNAseq_Quantification_SLURM Никаких предварительных требований. Если вы никогда не открывали терминал, вы не отстаёте — вы точно вовремя. Это также основа, на которой строится весь остальной анализ NGS: одноклеточный анализ, ATAC-seq и выявление вариантов — всё это подразумевает, что у вас уже есть необходимые знания. Если вам нужны ответы на ваши вопросы по вашим данным в процессе работы, то это онлайн-семинар: https://ngs101.com/rna-seq-workshop/ Я доктор Лэй Го, основатель NGS101 — более 90 бесплатных обучающих материалов на https://ngs101.com #RNAseq #биоинформатика #транскриптомика #NGS