Коннор получает звание ассасина и скрытые клинки. После герой решает убить всех заговорщиков. Сначала Коннор уничтожает чай в бостонском порту, чтобы ослабить силы Тамплиеров. Уильяма Джонсона герой убивает первым, так как он хотел приобрести землю, на которой живёт народ Коннора, затем Джона Питкерна в битве при Банкер-Хилле. В Нью-Йорке находит Томаса Хики и узнаёт, что он готовится к покушению на Джорджа Вашингтона.