МВД: Цзюнь Чэн, Альфа Миссенс; Пример Жиги Авсека

Модели, выводы и алгоритмы Институт Броуда при Массачусетском технологическом институте и Гарварде 13 марта 2024 г. Встреча: Точное прогнозирование эффекта миссенс-вариантов в масштабах всего протеома с помощью Alpha Missense Джун Ченг Google DeepMind Подавляющее большинство миссенс-вариантов, наблюдаемых в геноме человека, имеют неизвестную клиническую значимость. Мы представляем Alpha Missense, адаптацию AlphaFold, доработанную на базах данных частоты вариантов в популяции человека и приматов для прогнозирования патогенности миссенс-вариантов. Объединяя структурный контекст и эволюционную консервацию, наша модель достигает самых современных результатов в широком диапазоне генетических и экспериментальных показателей, и все это без явного обучения на таких данных. Средний показатель патогенности генов также позволяет прогнозировать их клеточную эссенциальность, что дает возможность выявлять короткие эссенциальные гены, которые существующие статистические подходы не способны обнаружить. В качестве ресурса для сообщества мы предоставляем базу данных прогнозов для всех возможных замен одной аминокислоты в геноме человека и классифицируем 89% миссенс-вариантов как вероятно доброкачественные или вероятно патогенные. Введение: Жига Авсек Google DeepMind Подавляющее большинство миссенс-вариантов, наблюдаемых в геноме человека, имеют неизвестную клиническую значимость. Мы представляем Alpha Missense, адаптацию AlphaFold, доработанную на основе баз данных частоты вариантов в популяции человека и приматов для прогнозирования патогенности миссенс-вариантов. Объединяя структурный контекст и эволюционную консервацию, наша модель достигает самых современных результатов в широком диапазоне генетических и экспериментальных показателей, и все это без явного обучения на таких данных. Средний показатель патогенности генов также предсказывает их клеточную эссенциальность, позволяя выявлять короткие эссенциальные гены, которые существующие статистические подходы не способны обнаружить. В качестве ресурса для сообщества мы предоставляем базу данных прогнозов всех возможных замен одной аминокислоты в геноме человека и классифицируем 89% миссенс-вариантов как, вероятно, доброкачественные или, вероятно, патогенные. Для получения дополнительной информации посетите: https://www.broadinstitute.org/talks/spring-2024/mia Авторские права принадлежат Broad Institute, 2024. Все права защищены.